Chó Phú Quốc có đầu nhỏ, gọn, phù hợp với thân hình thon, mõm dài vừa phải và thường có màu đen. Mắt chó đa số có màu nâu, lưỡi có đốm. Bụng chó thon, ngực nở, thân hình gọn và chắc thích hợp với việc vận động nhanh nhẹn. Ngực sâu, kết hợp các bắp thịt vùng chân trước tạo nên các bắp cơ rắn chắc ở hai bên, vùng hông nhỏ. Chân vừa và khỏe, bàn chân có màng da phát triển nối các ngón chân với nhau, phù hợp cho việc bơi lội dưới nước, một số con có móng đeo ở chân sau. Đuôi chó cong lên, hở hậu môn mà người dân nơi đây gọi là "đuôi vót cần câu". Trọng lượng chó trung bình 15 kg.
Đa số chó Phú Quốc có bộ lông sát và ngắn. Xoáy trên lưng là một đặc tính quan trọng để đánh giá chó Phú Quốc, kiểu xoáy rất đa dạng, tỷ lệ chó có xoáy là khá cao. Ngoài xoáy lưng nói trên, người Phú Quốc còn chú ý các xoáy ở hai bên cổ, sau mông.
Về màu sắc lông thì có mấy dạng sau: nhóm chó đen có màu đen tuyền, số khác ức hay chân đều vàng hoặc nâu; nhóm chó nâu đậm hay nhạt, đặc biệt nhóm này thường thể hiện sự hài hòa về màu sắc; nhóm chó vàng thay đổi trong dãy từ đậm đến nhạt, trên một cá thể chó vàng đôi khi cũng có sự pha màu vàng nhạt ở bụng và chân; nhóm chó vện - chiếm tỷ lệ thấp - có màu lông đặc biệt nhất; nhóm chó xám, chiếm tỷ lệ ít nhất. Nhóm khác gồm có chó trắng tuyền và chó lan trắng với những màu nền khác nhau như đen, nâu, vàng, xám.
Tính khí
Chó Phú Quốc có nhiều đặc tính nổi bật như: Rất thích săn thú và săn rất giỏi. Chó Phú Quốc có thể săn được thú lớn hơn chúng rất nhiều như nai, thậm chí những loài hung dữ như heo rừng, rắn độc. Chó sủa rất tốt, nhạy cảm với người hay vật lạ. Ban đêm, chó dễ dàng phát hiện những mục tiêu lạ và không bao giờ buông tha. Chó Phú Quốc rất gần gũi và thân thiện với chủ, dễ làm quen. Chó có khi cắn người nhưng không phổ biến. Nổi bật về tính hung dữ so với những loài chó khác, chúng đánh nhau không thấy chùn bước cho dù đối thủ lớn hơn mình và thường giành thắng lợi. Những gia súc, gia cầm khác như gà, vịt, thỏ rất dễ là mục tiêu tấn công bất ngờ của chúng.
Với những đặc tính trên, chó Phú Quốc hiện sở hữu những giá trị mà ta có thể chọn là một giống chó quý của đất nước. Tuy vậy, hiện vẫn chưa xác định rõ nguồn gốc của chó cũng như chưa chủ động chọn lọc và nhân giống một cách khoa học hay xác định đặc tính di truyền bằng sinh học phân tử. Chính vì vậy chưa thể khẳng định con nào là thuần chủng hay không thuần chủng.
Thạc sĩ Nguyễn Văn Biện